W związku z powiększającą się liczbą mieszkańców Suwałk, pod koniec lat 80-tych XX wieku podjęto decyzję utworzenia na osiedlu Północ II samodzielnego ośrodka duszpasterskiego p.w. Chrystusa Króla w Suwałkach. Ośrodek ten umieszczono decyzją Jego Ekscelencji Biskupa Juliusza Paetza w dawnym budynku wojskowym przy ul. Pułaskiego 24B.
Kaplica tymczasowa adaptowana została w 1990 roku. Wcześniej mieściły się w niej koszary carskie, od 1922 r. siedziba II Pułku Ułanów Grochowskich (pierwotna kaplica w koszarach istniała do końca II wojny światowej) oraz sala gimnastyczna. W kaplicy wybudowanej dla potrzeb stacjonujących to przed I Wojną Światową wojsk carskich odkryto fragmenty ikon i obrazów oraz obraz Trójcy Świętej.
Dnia 16 czerwca 1997 roku ksiądz biskup poświęcił i wmurował kamień węgielny pod nowy kościół budowany przy ulicy Papieża Jana Pawła II. Kościół został poświęcony w listopadzie 2001 r. przez bpa Edwarda Samsela. Urząd proboszcza i organizację parafii powierzono ks. mgr prał. mjr Krzysztofowi Kaczyńskiemu. W taki sposób do użytku został oddany nowy kościół w Suwałkach.
W maju 1990 r., po opuszczeniu obszaru przez wojsko, plac wojskowy wraz z kaplicą został przekazany proboszczowi nowej parafii - księdzu Krzysztofowi Kaczyńskiemu. Dnia 1 lipca 1990 roku został poświęcony i wmurowany przez księdza prałata Tadeusza Śliwowskiego kamień węgielny. Tego samego dnia w godzinach porannych została odprawiona inauguracyjna Eucharystia.
Po odkupieniu całości działki składającej się z pięciu części, ksiądz proboszcz ogłosił konkurs na najlepszy projekt. Spośród sześciu projektów zgłaszanych z całej Polski, został wybrany projekt doktora Stefana Millera. W 1996 r. ordynariusz diecezji ełckiej - ks. bp Wojciech Ziemba - poświęcił teren pod budowę nowego kościoła a pierwsze prace związane z jego budową rozpoczęły się kilka miesięcy później.
Kształt kościoła połączonego z ośrodkiem duszpasterskim przypomina namiot, w którym człowiek spotyka się z Bogiem. W prezbiterium, które znajduje się na dziewięciostopniowym podwyższeniu umieszczono ołtarz. Obok ołtarza, po prawej i po lewej stronie, stoją na metalowych świecznikach dwie świece. Za ołtarzem, na podniesieniu czterostopniowym, znajduje się tabernakulum a nad nim drewniany krzyż z figurą Pana Jezusa.